2005年，全区城市环境空气污染仍为沙尘和煤烟型污染。一般城市以沙尘污染为主，少数重点城市以煤烟污染为主。首要污染物为悬浮颗粒物。二氧化氮、二氧化硫的污染总体上维持较低水平，但首府乌鲁木齐市二氧化硫（年均值0.116毫克/立方米）依然超标严重（国家二级标准0.06毫克/立方米），是全国二氧化硫污染较为严重城市之一。

    全区监测的19个城市中，阿勒泰、塔城、博乐、克拉玛依、石河子、乌苏等6个城市空气质量达到国家二级标准，有6个城市空气质量达到国家三级标准，其余7个城市空气质量超过国家三级标准。

    全区城市环境空气质量达到Ⅰ、Ⅱ级日数占73.9%，比上年增加13.2个百分点，Ⅲ级日数占15.9%，比上年减少1.8个百分点，Ⅳ、Ⅴ级日数占10.2%，比上年减少11.4个百分点，全区城市空气质量较上年有所好转。

    首府乌鲁木齐市空气质量达到Ⅰ、Ⅱ级日数占70.2%，Ⅲ级日数占23.6%，Ⅳ、Ⅴ级日数占6.2%，与上年相比，基本持平。空气中二氧化硫年日均浓度上升9.4%，二氧化氮年日均浓度下降5.2%，可吸入颗粒物年日均浓度下降1.7%。

城市地表水

    流经城市的河流水质受到不同程度污染。在监测的27个城市河流断面中，Ⅱ～Ⅲ类水质断面占59.3%；Ⅳ～Ⅴ类占14.8%，劣Ⅴ类占25.9%。克兰河、多浪河、孔雀河水质良好，全河段水质为Ⅱ～Ⅲ类；乌鲁木齐河、水磨河、头屯河、克孜河、吐曼河的城市河段水质都存在不同程度的污染。