全区监测的62条河流总体水质良好。流域城市段河流受不同程度污染。在154个监测断面中，Ⅰ－Ⅲ类优良水质断面占88.3%，Ⅳ、Ⅴ类轻中度污染水质断面占6.5%，劣Ⅴ类重度污染水质断面占5.2%。开都河、昆玛力克河、喀拉喀什河等53条河流全河段水质均为优良；水磨河、克孜河、吐曼河流经城市河段和塔里木河等9条河流水质均有不同程度的污染，其中水磨河、克孜河、乌鲁木齐河等河流的城市断面水质污染较重，主要超标污染指标为化学需氧量、生化需氧量、石油类、氨氮、氟化物等。与上年相比，全区监测河流Ⅰ－Ⅲ类优良水质断面比例上升6.4个百分点，部分流经城市河流的污染程度有所减轻，监测河流总体水质状况有所改善。
    全区30座监测湖库水质总体是高山或上游湖库水质较好，尾闾或下游湖库水质较差。在9座湖泊中，喀纳斯湖、天池、赛里木湖3座湖泊水质以Ⅲ类为主，水质较好；柴窝堡湖、艾比湖、乌伦古湖、吉力湖4座湖泊水质以劣Ⅴ类为主，水质较差。在21座水库中，10座水库水质以Ⅲ类为主，水质良好，其余11座水库均存在不同程度的污染，八一水库、蘑菇湖水库、猛进水库水质较差，均以劣Ⅴ类为主，主要超标污染指标为化学需氧量、总磷、总氮、氟化物、氨氮等。与上年相比，全区湖泊水质保持稳定，大泉沟水库、夹河子水库、泉沟水库等水库因受总磷污染物影响，水质有所下降。

    新疆生态环境质量总体保持基本稳定，仍呈现部分改善与局部恶化并存的态势。其中，城市生态环境质量逐步有所改善，但绿洲外围的绿洲－荒漠过渡带以及农－牧交错带的生态环境质量仍有恶化趋势，草地退化严重。
    较去年沙尘天气发生强度有所下降，但频次有所增加。沙尘暴发生期间，总悬浮颗粒物监测浓度在0.330～27.9毫克/立方米之间。南疆地区沙尘污染强度明显大于北疆地区。