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　全区河流总体水质状况为优，出入境断面水质优良，部分流经城市段河流受到不同程度污染。监测的79条河流172个断面中，Ⅰ-Ⅲ类优良水质断面占94.76%，Ⅳ类轻度污染水质断面占2.91%，Ⅴ类中度污染水质断面占0.58%，劣Ⅴ类重度污染水质断面占1.75%。伊犁河、额尔齐斯河、阿克苏河、白杨河等73条河流全河段水质均为优良;水磨河、克孜河、吐曼河、博尔塔拉河、喀什噶尔河等5条河流9个断面受到不同程度的污染，其中水磨河、克孜河下游断面为中度-重度污染，主要超标污染物为总磷、氨氮、五日生化需氧量、化学需氧量等。与上年相比，全区监测河流总体水质状况稳定。

　全区湖库水质总体是高山或上游湖库水质较好，下游或尾闾湖库水质较差。监测的9个湖泊中，

天池、喀纳斯湖、赛里木湖和艾力克湖水质优良;

博斯腾湖水质为轻度污染，主要超标污染物为化学需氧量;柴窝堡湖、乌伦古湖、艾比湖、吉利湖水质为重度污染，主要超标污染物为化学需氧量、总氮、氟化物、总磷等。监测的23座水库中，19座水库水质良好，4座水库存在不同程度的污染，其中大泉沟水库水质为轻度污染，主要超标污染物物为总磷;八一水库、蘑菇湖水库、猛进水库等3座水库水质为重度污染，主要超标污染物为总磷、氨氮、高锰酸盐指数等。与上年相比，全区湖库总体水质保持稳定。西克尔水库总磷浓度上升，水质由良好转变为轻度污染。